Die Region Aserbaidschan ist seit frühester Zeit besiedelt. Der erste Staat auf dem Gebiet des heutigen Aserbaidschan war Albania, ein Reich der nomadischen Albani. Der Staat wurde im 4. Jahrhundert vor Christus gegründet und von Plinius, Plutarch und Strabo erwähnt. Nach der Zeitenwende war Albania von den Parthern abhängig. Nach dem Zerfall des Partherreichs zu Beginn des 3. Jahrhunderts wurde Albania Ende des vierten Jahrhunderts Vasall des Sassanidenreiches.
Erste türkische Volksgruppen lassen sich im späteren Aserbaidschan seit dem 2. Jahrhundert nachweisen, als dort der frühhunnische Volksstamm der Az auftauchte. Dieser Volksstamm ist möglicherweise auch der Namensgeber des Gebietes, so dass Aserbaidschan Herrschaft der Az bedeutet. Eine andere Namenserklärung leitet den Namen wiederum vom persischen Satz Land des Feuers (Aderbaidjan) ab, der sowohl auf die seit dem Altertum bekannten Petroleum-Vorkommen als auch auf den Zoroastrismus mit seinem Feuerkult verweisen soll.
Ab frühestens dem 4. Jahrhundert siedelten die Sabiren in Aserbaidschan, nördlich des Staates Albania. Die Küste des Landes war ab dieser Zeit Teil des Reichs der Sassaniden, der Landesteil südlich des Kura ab dem 6. Jahrhundert.
Mittelalter
Zu Beginn des 7. Jahrhunderts bildeten sich im Norden von Aserbaidschan die Staaten von Lekia und Derbent. 643 fielen die Araber in das Land ein und islamisierten es.
Von 816 bis 835 begannen die Aserbaidschaner unter Babek, Führer der Churramiten, erfolgreich gegen die Eroberer zu kämpfen. Die Reste des Reichs Albania wurden in den 30er Jahren des 9. Jahrhunderts vom georgischen Staat Heretien erobert. Seit 799 existierte der Staat der Schirwanschahs mit der Hauptstadt Schamachy im Ostteil des Landes vom Kura bis Derbent. Der Staat von Gjandsha entstand Ende des 9. Jahrhunderts südlich des Kura im Westen Aserbaidschans. Später entstanden südlich des Kura ein Staat Aserbaidschan und Aran. Im 9. Jahrhundert und 10. Jahrhundert wanderten die Volksstämme der Oghusen in dieses Gebiet ein.
Ab den 60er Jahren des 11. Jahrhunderts wurde das Gebiet von den Seldschuken abhängig, der südlichen Provinz deren Reiches. Daher kam es zu häufigen Einfällen von seldschukischen Truppen. Nach dem Erstarken des Georgiens unterwarf dies die aserbaidschanischen Staaten von Schirwan, Ran, Gandza, Lekia und Derbent.
Um 1220 wurde der Süden vom Choresm-Schah erobert, der Norden durch Dschingis Khan. Im Folgejahrzehnt wurde auch der Süden von den Mongolen erobert, nur der Staat der Schirwanschahs konnte als Vasall weiter existieren. Nach 1254 gehörte das Gebiet zum Einflussraum des Il-Khan-Reiches. Dieses führte oft Kriege mit dem nördlichen Khanat der Goldenen Horde um die Länder in der Region und verbündete sich dabei mit der nördlich von Aserbaidschan ansässigen Nogaier Horde. Zu dieser Zeit ließ sich eine geringe Zahl von Mongolen im Land nieder, ging aber in der ansässigen Bevölkerung auf.
Nach der Auflösung des Il-Khanats 1336 wurde Schirwan unabhängig umfasste große Teile des heutigen Aserbaidschans, kleinere wurden von Georgien beherrscht. Nach 1390 wurde Aserbaidschan von Timur Lenk erobert, der von Samarkand aus ein neues mongolisches Reich errichtete.
Frühe Neuzeit
Nach dem Tode Timurs 1405 beherrschte die Stammesförderationen der Weißen Hammel (Aghgoyunlu) das heutige Aserbaidschan und die südlicheren Länder, während westlich davon die Schwarzen Hammel (Garagojunlu) herrschten. Von Derbent aus begann der Staat der Schirwanschahs wieder zu erstarken und umfasste einige Jahrzehnte später wieder große Teile des heutigen Aserbaidschan. Zudem entstand der Staat Karabach. Die Hauptzentren der aserbaidschanischen Kultur damals waren Täbriz und Schamachy.
Mitte des 15. Jahrhunderts bildete sich die Machtbasis der persischen Safawiden-Dynastie südlich des Flusses Kura am Kaspischen Meer. In Armenien und Persien konnten sich die Schwarzen Hammel durchsetzen. Um 1500 sagten sich die Saffawiden von den Schwarzen Hammeln los, eroberten deren Reich und Ismail I krönte sich in Täbris 1502 zum ersten persischen Schah der Safawiden. Dieser eroberten auch die Teile Schirwans südlich des Kura und zwangen Karabach, Schirwan und das von Schirwan abgespaltene Khanat Scheki in die Abhängigkeit. Schirwan wurde bald darauf vollständig persische Provinz. Da die Dynastie der Safawiden aserbaidschanischen Ursprungs ist, spielte die Aristokratie und Kultur dieses Landes im persischen Reich eine wichtige Rolle, so wurde die Aserbaidschanische Sprache zur zweiten Amtssprache. Bedeutende Städte der damaligen Zeit im heutigen Aserbaidschan waren Schamachy und Baku.
Der Einfluss Aserbaidschans in Persien nahm unter der Herrschaft von Abbas I. (1587 – 1629) ab, die Hauptstadt wurde nach Isfahan verlegt und Aserbaidschan wurde zur Provinz. 1590 gelingt es dem Osmanischen Reich kurzzeitig, Aserbaidschan zu erobern. Teile des Nordens gehen an Dagestan und nur das Khanat Scheki bleibt als osmanischer Vasall bestehen. Im folgenden Jahrzehnt kann Persien Aserbaidschan zurückgewinnen. Im Laufe des 17. Jahrhunderts kann auch der Norden von Dagestan zurückerobert werden.
Im Jahre 1723 eroberte der russische Zar Peter der Große im ersten Russisch-Persischen Krieg kurzzeitig die Gebiete von Baku und Derbend und den Rest der persischen Küste des Kaspischen Meeres. Dabei konnten sich die Khanate Schirwan, Salyan und Scheki von Persien unabhängig machen. Zudem eroberten die Osmanen Nachitschewan. 1736 konnte Nadir Schah ganz Aserbaidschan für Persien zurückerobern.
Nach der Ermordung Nadirs 1747 entstanden auf dem Gebiet Aserbaidschans mehr oder weniger von Persien unabhängige Khanate. Darunter im Norden Scheki, Schirwan, Baku, Guba, Derbend, Talysch, Gjandsha, Karabach, Nachitschewan, Irewan, Saljan. Im heute iranischen Süden waren es Täbris, Urmiya,Ardabil, Choy, Garadagh, Sirab, Maragha und Maku. Diese Khanate bekriegten sich oft untereinander und gerieten um 1800 zwischen das wieder erstarkte Persien und dem Russischen Reich. Daher kam es in Folge zu drei Russisch-Persischen Kriegen. Der Krieg 1796 brachte noch keine Veränderung, aber nach dem Russisch-Persischen Krieg 1804 bis 1814 wurden die Khanate nördlich des Aras außer Nachitschewan und Irewan im Frieden von Gulistan russische Provinz. Nach dem Russisch-Persischen Kriege 1826/28 kamen auch diese im Frieden von Turkmantschai an das russische Reich. Die im letzten Vertrag festgelegte Grenze trennt noch heute Aserbaidschan vom Iran.
In den 1870er Jahren begann man mit der Ausbeutung der Erdölfelder.
Neuere Geschichte
Nach dem Zusammenbruch des russischen Zarenreiches wurde am 28. Mai 1918 die erste Republik im islamischen Orient, die Demokratische Republik Aserbaidschan gegründet, die formal von 1918 bis 1920 bestand, aber deren Herrschaftsbereich sich nur auf das nördliche Aserbaidschan beschränkte. Zum ersten Ministerpräsidenten der Republik wurde Fätälikhan Hoyski und zum ersten Präsidenten der Republik der Vorsitzende der Partei Musavat M. A. Rasulsade gewählt. Der Versuch, zusammen mit Georgien und Armenien eine Transkaukasische Republik zu begründen, schlug jedoch fehl.
Im Januar 1920 wurde Aserbaidschan von den Alliierten als unabhängiges Land anerkannt. Eine aserbaidschanische Regierungsdelegation wurde vom US-Präsidenten Woodrow Wilson empfangen und am 11. Januar 1920 erfolgte die offizielle Anerkennung Aserbaidschans durch die USA. Diese Unabhängigkeit wurde jedoch durch die Rote Armee am 28. April 1920 beendet. Die Sowjettruppen überschritten die Staatsgrenze zu Aserbaidschan in der Nähe der Stadt Yalama und rückten in das Land vor. Da das Militär der Republik im Westen des Landes auch in eine Auseinandersetzung mit armenischen Guerilleros verwickelt war, konnte Baku keinen dauerhaften Widerstand gegen die Rotarmisten leisten. Somit etablierte sich am 28. April ein russisches Okkupationsregime in Baku. Einige Monate später entstand eine Sowjetrepublik in Aserbaidschan, die im Jahre 1922 mit Georgien und Armenien zur Transkaukasischen Föderativen Sowjetrepublik zwangsvereinigt und in die UdSSR integriert wurde.
1936 wurde Aserbaidschan selbstständige Sowjetrepublik der UdSSR. Während der Sowjetisierung Aserbaidschans wurden aserbaidschanische Schulen, die seit dem 17. Jahrhundert existierten, geschlossen und die russische Sprache und Kultur gegenüber der aserbaidschanischen gefördert. Dieser Politik fielen auch Vertreter von Literatur und Kunst zum Opfer, so wurden der Dichter Husyen Javid und der Schriftsteller Mikayil Muschwig unter Stalin ermordet. Der liberale Schriftsteller Elchin bekam in den 1970er Jahren ein Schreibverbot. Des Weiteren wurden Moscheen und Synagogen geschlossen.
Aufgrund der armenischen „Gebietsansprüche“ und deren „Unterstützung“ durch die armenische Bevölkerung in Bergkarabach beantragte 1988 der dortige Gebietssowjet in Abwesenheit aserbaidschanischer Abgeordneter den Transfer des Gebiets aus aserbaidschanischer in armenische Republikhoheit. Im gleichen Jahr und noch einmal 1990 kam es zu anti-armenischen Pogromen in mehreren aserbaidschanischen Städten.1989 verkündete der Oberste Sowjet Aserbaidschans in Baku in Zusammenhang mit der Schwäche der UdSSR die Souveränität Aserbaidschans. Die anschließende Militärintervention sowjetischer Truppen in Aserbaidschan forderte allein in Baku 170 Todesopfer und ca. 400 verletzte Zivilisten.
Am 30. August 1991, nach dem gescheiterten Augustputsch in Moskau, rief Aserbaidschan die Unabhängigkeit aus und wurde Mitbegründer der GUS. Die Kommunistische Partei löste sich auf. 1992 begann ein offener Krieg um Berg-Karabach.
Im September 1993 wurde der ehemalige KP-Chef HeydarAliyev zum Präsidenten gewählt, der die Staatspartei „Neues Aserbaidschan“ gründete. Aliyev bemühte sich um gute Beziehungen zu Russland, der Türkei und den USA, aber auch um gute Nachbarschaft mit dem Iran.
Im Jahre 1995 wurde eine Verfassung angenommen, die ein präsidentielles Regierungssystem konstituiert.
2002 wurde Ilham Aliyev zum Nachfolger seines Vaters im Amt des Präsidenten bestimmt und bei Wahlen 2003 vom Volk bestätigt.